Hooikoorts ontstaat door allergie voor stuifmeel (pollen) van planten, grassen of bomen. Het gaat daarbij speciaal om pollen die door de wind worden verspreid. Bij hooikoorts komt een verhoogde hoeveelheid histamine in het lichaam vrij dat allergieklachten zoals een loopneus of juist verstopte neus, traanogen, niesbuien en vermoeidheid veroorzaakt. De door insecten bestoven planten bezitten pollen die te zwaar zijn voor verspreiding door de wind. Hooikoorts is seizoensgebonden (pollenseizoen) in tegenstelling tot allergische rhinitis dat net als huisstofmijtallergie het hele jaar aanhoudt.